หน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี แบ่งหน่วยงานภายในตามภารกิจ 4 ด้าน ดังนี้
1. สำนักงานอธิการบดี มีภารกิจหลักประสานนโยบายของมหาวิทยาลัยในทุกๆ ด้าน รวมทั้งภารกิจในด้านการบริหารและธุรการ โดยประสานงานบริหารในสำนักวิชา ศูนย์ สถาบัน และหน่วยงานวิสาหกิจ สำนักงานอธิการบดี ประกอบด้วย หน่วยงานระดับส่วนงาน 13 ส่วนงาน
2. สำนักวิชา มีภารกิจด้านการสอนและการวิจัย แต่ละสำนักวิชาจะประกอบด้วย สาขาวิชา และมีสถานวิจัย เป็นแหล่งปฏิบัติงานวิจัยของคณาจารย์ในสำนักวิชานั้นๆ ประกอบด้วย 6 สำนักวิชา
3. สถาบัน / ศูนย์ มีภารกิจหลักด้านการบริการสนับสนุนงานด้านวิชาการ การจัดการเรียนการสอนแก่หน่วยงานต่างๆ ทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย และการทะนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรมของชุมชนและของประเทศ ประกอบด้วย 1 สถาบัน 7 ศูนย์
4. หน่วยงานวิสาหกิจ ภายใต้แนวทางและเป้าหมายการพัฒนามหาวิทยาลัยที่มุ่งจะระดมสรรพกำลังและทรัพยากรจากแหล่งต่างๆ มาเสริมงบประมาณแผ่นดิน ดังนั้นมหาวิทยาลัยจะต้องวางแนวทางและระบบต่างๆ ที่เอื้ออำนวยและส่งเสริมให้มหาวิทยาลัยสามารถพัฒนาทรัพย์สินของมหาวิทยาลัย ให้เกิดประโยชน์ และสร้างรายได้ให้แก่มหาวิทยาลัย เพื่อให้บรรลุเป้าหมายดังกล่าวและเพื่อให้มหาวิทยาลัยสามารถพึ่งตนเองทางการ เงินได้ในระยะยาว ได้ดำเนินการจัดตั้งและพัฒนาหน่วยงานภายในของมหาวิทยาลัยให้เป็นหน่วยงานที่ ดำเนินงานเชิงธุรกิจ 3 หน่วยงาน